Xdmf3

[ggdoe]

J'ai adapté le xdmf pour les readers Xdmf3 de paraview, mais quand j'ai voulu ajouté les main.xmf je me suis aperçu que <!ENTITY> ne marche pas avec <xi:include>. Il fallait donc que je modifie en profondeur le xdmf. J'en ai profiter pour réécrire le IOManager et tester des concepts c++ que j'avais jamais essayé. J'ai simplifié l'ajout de output_variables.

Pour faire marcher les reader xdmf3, on ne peut plus utiliser les JOIN pour créer des vecteurs. J'ai gardé les vecteurs, ils sont accessible via le datafield velocity, mais on ne peut plus accéder indépendamment à u et v. Avec la liste des output_variables au début de IOManager.h, c'est très facile de faire le changement inverse. Mais si on garde velocity, il faudra adapter les code python. Aussi les scalaires sont dans des tableaux de taille 1, c'était plus simple à écrire comme ça et ça marche tout aussi bien dans paraview que dans python après un rescale.

Ca simplifie beaucoup l'ajout de champs pour déboguer le code. Pour ça, on peut augmenter la taille du tableau Q, tout en gardant Nfields identique. Ca n’interfère pas avec le reste du code car les boucles sont indexé par Nfields.
Par exemple :

// SimInfo.h
enum IVar : uint8_t {
  IR = 0,
  IU = 1,
  IV = 2,
  IP = 3,
  IE = 3, 

  // log fields
  IDT_HYDRO,
  IDT_TC,

  SIZE_Q_ARRAY
};

// ----------------------
// main.cpp
    Array U    = Kokkos::View<real_t***>("U", device_params.Nty, device_params.Ntx, Nfields);
    Array Q    = Kokkos::View<real_t***>("Q", device_params.Nty, device_params.Ntx, SIZE_Q_ARRAY);

// ----------------------
// IOManager.h
constexpr auto io_variables = std::make_tuple(
  io_entry("rho",      IR),
  io_entry("velocity", IU, IV),
  io_entry("prs",      IP), 

  io_entry("dt_hydro", IDT_HYDRO), 
  io_entry("dt_tc",    IDT_TC)
);

// ----------------------
// Compute_dt.h
   Q(j, i, IDT_HYDRO) = inv_dt_hyp_loc;
   Q(j, i, IDT_TC) = inv_dt_par_tc_loc;